En 1858, se construye una modesta choza de paja para ser empleada como oratorio, en un terreno que en 1863 dona por testamento Lucas Elizondo.
Entre los años 1865 y 1866 se logra construir otra ermita más grande, en barro y teja, y se puso bajo la protección de la Virgen de Las Mercedes, por ser la patrona del lugar.
La devoción a nuestra señora la Virgen de las Mercedes, se debe a la influencia que ejerció don Lucas Elizondo, quien era originario de Mercedes de Heredia y quien además regaló la imagen de la virgen.
Al concluirse la ermita, los vecinos de Palmares deciden enviar una delegación que se entrevistó con el obispo Anselmo Llorente y La Fuente, (primer obispo de Costa Rica), con el fin de solicitarle la creación de una filial y el nombramiento de un sacerdote para el templo.
Monseñor Llorente les manifiesta “no tengo a quién enviarles”, sin embargo, los palmareños le dijeron que estaba dedicada a San Anselmo de Canterbury como éste era el nombre de monseñor, esto determina para que el obispo cambie de criterio y accedió a la petición del pueblo palmareño.
Pues bien, el 7 de Noviembre de 1866, nace la Parroquia de Palmares, fecha en la cual también llegó su primer cura: don Rafael de Jesús Soto.
A las seis de la tarde, del 20 de abril de 1894, Monseñor Ricardo Casanova Obispo de Guatemala, llegó a Palmares recibido por Monseñor Esteban Echeverri así como también un grupo de jinetes que lo acompañaban. Desde Atenas lo condujeron hasta las decoradas calles de Palmares, en donde una multitud de pies descalzos lo recibe con explosión de bombetas y repique de campanas.
El 22 de Abril de 1894 se empieza a construir la majestuosa iglesia de Palmares. Un total de 20 años trascurrieron para ver la estructura de piedra de granito terminada, esta es una obra grandiosa, producto del trabajo y la fe del pueblo palmareño de ayer, y hay datos que revelan que mil palmareños trabajaron a la vez.
El traslado de la piedra hasta el centro de Palmares lo hacían unas diez carretas, durante los meses de diciembre a abril, aprovechando la estación seca.
Según cuenta la tradición, se utilizaba la clara de huevo como un componente más de la mezcla para pegar los bloques de piedra y cuando se acababa, era necesario recorrer grandes distancias para solicitar huevos a los vecinos.
Las campanas llegan a Palmares el 30 de noviembre de 1899, y fueron bautizadas con los nombres de Rosario y Mercedes.
El 24 de setiembre de 1912, se inaugura el primer alumbrado eléctrico de Palmares.
Para esta ocasión, se organizaron las primeras fiestas patronales en honor a la Virgen de las Mercedes.
El 24 de septiembre de cada año se celebra el día de la Virgen de las Mercedes y por tal motivo se acostumbra realizar la entrada de los santos. La actual iglesia de Palmares, finalmente se inaugura en 1914.
Entre los años 1928 y 1929 ante el asombro de la humilde ciudadanía, aparecen los vitrales procedentes de Alemania, el impacto es profundo, las portentosas obras de arte de cristal pintado y engarzadas en plomo, estaban más allá de la imaginación de un pueblo descalzo y absorto en las tareas de labranza.
El trabajo de estos vitrales es extraordinario, cada detalle hecho a mano, nos introduce en un mundo mágico, la luz, penetra atravesando la policromía y entonces el espectáculo nos aproxima a lo perfecto.
El 21 de abril de 1956 se efectúa la consagración del templo por parte de Monseñor Juan Vicente Solís y le otorgó, además, el título de Basilica de Nuestra Señora de las Mercedes.
Se puede afirmar que la iglesia de Palmares es un hermoso testimonio del esfuerzo y la fe del pueblo palmareño, que a lo largo de un siglo ha luchado por progresar y mantener en perfecto estado un inmueble que hoy se constituye en el legado que nos dejaron nuestros antepasados.
